入侵事件是玩家必须面对的常规挑战之一，主要包括土匪、死爪和变种毒蝎等外部威胁。这些入侵者会按照固定路线进入避难所，若处理不当可能导致资源损失或居民伤亡。初期入侵的土匪实际威胁较低，击败后可获得瓶盖、装备甚至配方，因此合理利用入侵事件反而能缓解资源压力。建议在大门右侧建造三联大房间作为防御核心，将初期有限的武器和防具集中分配给该区域的六名居民，确保入侵者在一分钟内被消灭。倒地土匪的尸体需手动点击拾取战利品。
防御设施的建设优先级直接影响应对效率。避难所大门初期无需升级，既节省资源又避免延长入侵者的逗留时间。电力、食物和水资源需保持充足，否则设施停摆会加剧混乱。每层建筑建议采用2个大房间+1个中房间+2部电梯的布局，既优化空间又便于人员调度。培训室应靠近工作区，方便居民快速切换岗位。高层建筑需设计迂回路径以延缓后期高难度敌人的推进速度，例如死爪入侵时需依赖高属性居民和充足治疗针支撑。
居民属性与装备配置是防御成功的关键。力量（S）决定攻击效率，耐力（E）提升生存能力，敏捷（A）减少战斗中的受伤概率。建议为防御房间居民配备至少3点伤害的武器，后期逐步更换为高伤装备。幸运（L）属性影响战利品质量，可通过培训室提升。特殊角色如巧手先生需避免参与战斗，因其无法使用治疗针且复活成本高昂。医疗室需提前储备治疗针，确保居民在战斗中能及时恢复。
入侵事件的连锁反应需通过应急预案控制。若灾害发生在无人房间，会蔓延至相邻区域，因此需预留机动人员应对突发情况。定期检查防御设施状态，修复损坏部分。电力系统需通过多发电机并联和分配器调节负载，避免停电导致防御失效。任务系统提供的奖励可补充资源，但需注意随机副本难度与探索人员等级挂钩，高等级居民更易获取金色垃圾等高级材料。
长期防御需平衡资源生产与安全投入。人口规模建议控制在45人左右初期阶段，确保全员配备基础武器后再逐步扩张。培训中心优先提升力量、耐力和敏捷属性，后期可解锁高级训练设施。量子可乐工厂虽不生产可乐，但能提供食物和水，需合理规划其位置。社交系统如广播站可提升居民幸福度，间接增强整体防御稳定性。
