火红版口袋妖怪中共有7种秘传技能，这些技能在游戏中具有特殊功能，主要用于探索地图和解锁新区域。秘传技能包括一字斩、飞天、冲浪、怪力、碎岩、鱼跃龙门和闪光，每种技能对应不同的地形障碍或移动方式。这些技能无法通过常规方式遗忘，必须前往特定地点找NPC协助遗忘。掌握全部秘传技能是通关的必要条件，也是完成全地图探索的关键。
秘传技能的获取方式分散在游戏不同阶段。一字斩通过圣安努号船长赠送，飞天的学习地点位于彩虹市左侧，冲浪在野生原野区获得，怪力需在浅红市狩猎区完成假牙归还任务后由园长赠送。碎岩和鱼跃龙门分别在一之岛温泉和四之岛的洞窟内获取，而闪光作为基础秘传技能通常在早期剧情中解锁。这些技能的分布设计体现了游戏进程的线性引导，玩家需按顺序推进主线才能逐步掌握。
秘传技能的实际应用直接影响游戏体验。冲浪和鱼跃龙门用于跨越水域，怪力和碎岩清除岩石障碍，闪光照亮黑暗洞穴，飞天使快速旅行成为可能。由于秘传技能需占用宝可梦的技能栏位，队伍配置需兼顾战斗与探索功能。部分技能如冲浪和飞天兼具战斗效用，可在对战中作为攻击招式使用，这种设计平衡了技能的功能性与实用性。
火红版未包含潜水技能，其功能被其他秘传技能替代。所有秘传技能必须通过特定道具学习，且学习后无法直接替换，遗忘操作仅能在浅红市的遗忘爷爷处完成。这种机制要求玩家谨慎规划技能分配，避免因技能栏位不足影响队伍战斗力。合理利用秘传技能是高效通关的核心策略之一。
